Hat man eine genügend große Palette an Modellen studiert, gilt es, das für eine gegebene Problemstellung optimale zu finden. Dabei hängt es nicht nur vom System und den daran interessierenden dynamischen Größen ab, sondern vor allem von dem Ziel der Modellbildung ab, welches der mathematischen Modelle man benutzt. Hier ist die interdisziplinäre Zusammenarbeit entscheidend: Diejenigen, die mit der Struktur der Modelle vertraut sind müssen mit denjenigen, die die Struktur der Probleme kennen, zusammenarbeiten.
In vielen Fällen stellt sich das Finden optimaler Modelle als nichtlinearers Optimierungsproblen. Auch dafür gilt es, neue Methoden zu entwickeln, insbesondere solche, die auf die speziellen Funktionen angepaßt sind, die bei der Modellierung auftreten.